2011-12-26 追記
.minttyrc で設定できるようです。
Blue=64,64,207
BoldBlue=112,112,255
なので以下のコンパイル作業は一切必要ありません。
mintty では ANSI color の変更ができないみたいなのでコンパイルが必要
Cygwin の場合
- setup.exe で curl, gcc-core, patch, mintty, mintty のソースをインストールする
- mintty 以外から以下のコマンドを入力
$ cd /usr/src
$ tar xf mintty-1.0.2-src.tar.bz2
$ cd mintty-1.0.2
$ curl https://raw.github.com/gist/1397542/mintty.patch | patch
$ make
$ mv /bin/mintty{,.orig}.exe
$ cp mintty.exe /bin